تقع جزيرة خرج في شمال الخليج العربي على بعد نحو 55 كيلومترا شمال غرب ميناء بوشهر الإيراني، وعلى مسافة تقارب 15 ميلا بحريا (نحو 28 كيلومترا) من الساحل الإيراني.